Complémentaire santé et arrêt maladie : que contient votre contrat ?

Écrit par Cyril MALECOT . Mis à jour le 8 août 2025 .
Temps de lecture : 8 min

Vous êtes en arrêt maladie et vous vous demandez si votre mutuelle continue de vous couvrir ? Qui paie les cotisations ? Que se passe-t-il en cas de congé maternité ou sabbatique ? Nous vous expliquons en détail les règles qui encadrent le maintien de votre mutuelle pendant un arrêt de travail, les démarches à effectuer, les conditions de remboursement de vos soins, ainsi que le rôle éventuel d’un contrat de prévoyance.

Le fonctionnement de la mutuelle d’entreprise obligatoire

Si vous êtes salarié d’une entreprise du secteur privé, vous bénéficiez d’une mutuelle santé collective obligatoire. L’accord national interprofessionnel (ANI) impose en effet aux employeurs de proposer, depuis le 1er janvier 2016, une mutuelle d’entreprise offrant un panier de soins minimal. L’employeur est tenu de prendre en charge au moins 50% de la mensualité. S’il le souhaite, il peut financer 100% de la complémentaire santé de ses salariés.

Le montant de votre cotisation est déduit de votre salaire. La question se pose donc de savoir si vous continuez à être protégé quand vous êtes en arrêt de travail.

Cette mutuelle santé doit couvrir à minima :

• La prise en charge intégrale du ticket modérateur (part non remboursée par l'assurance Maladie).
• Le forfait journalier hospitalier.
• Les frais dentaires à hauteur de 125% de la base de remboursement de la Sécurité sociale (BRSS).
• Les frais d’optique à hauteur de 100 € maximum pour une correction simple et 200 € pour une correction complexe tous les 2 ans.

Êtes-vous toujours couvert par la mutuelle en cas d’arrêt maladie ?

Oui, vous restez bien couvert par votre mutuelle santé d’entreprise en cas d’arrêt maladie, sous conditions.

Pour bénéficier des indemnités journalières (IJ) de la Sécurité sociale, vous devez avoir travaillé au moins 150 heures dans les 3 mois civils ou 90 jours précédant l’arrêt, ou avoir cotisé sur une rémunération équivalente à 1 015 fois le Smic horaire sur les 6 derniers mois. Vous devez aussi transmettre votre arrêt de travail dans les 48 heures.

Si votre contrat de travail est suspendu et qu’aucun maintien de salaire n’est prévu, le prélèvement des primes de mutuelle peut cesser, interrompant temporairement votre protection (sauf dispositions conventionnelles spécifiques).

En cas d’activité discontinue ou saisonnière, les indemnités journalières restent accessibles si vous avez travaillé au moins 600 heures ou perçu un revenu équivalent à 2 030 fois le Smic horaire au cours des 12 mois précédant l’arrêt.

Comment faire pour être remboursé en cas d’arrêt maladie ?

Lorsque vous êtes en arrêt de travail, plusieurs interlocuteurs se mobilisent pour assurer votre couverture santé : l’assurance Maladie, votre mutuelle, voire votre organisme de prévoyance. Pour réclamer un remboursement, il est essentiel de suivre les étapes suivantes.

• Transmettez votre arrêt dans les 48h à l’Assurance Maladie, via télétransmission (par le médecin) ou en envoyant les volets 1 et 2 à votre CPAM ou MSA. Le volet 3 est à remettre à votre employeur.
• Prévenez votre mutuelle si besoin, notamment en cas de contrat individuel ou d’arrêt prolongé. Un justificatif peut être exigé pour maintenir la protection.
• Conservez vos justificatifs de soins (factures, feuilles de soins, ordonnances) pour garantir ou compléter vos remboursements.
• Suivez vos remboursements sur votre espace client mutuelle, souvent accessible en ligne. Vous y trouverez vos relevés, détails de prises en charge et attestations.

Le montant des indemnités journalières (IJ)

Les indemnités journalières (IJ) sont calculées sur la base de votre salaire, mais elles ne correspondent pas à 100% de votre rémunération. En pratique, elles représentent 50% de votre salaire journalier de base.

Pour déterminer ce salaire journalier, on prend en compte vos trois derniers salaires bruts avant l’arrêt, que l’on divise par 91,25 jours (soit environ trois mois). Par exemple, si vous avez gagné 2 300 € brut par mois ces trois derniers mois, votre salaire journalier de base sera calculé ainsi :

• 2 300 € x 3 = 6 900 € (total des salaires bruts).
• 6 900 € ÷ 91,25 = 75,62 € (salaire journalier de base).
• 75,62 € x 50% = 37,81 € d’indemnité journalière.

Cependant, ce montant ne peut pas dépasser un plafond fixé à 41,47 € bruts par jour en 2025.

Mutuelle santé : quelle couverture durant les différents congés ?

Les congés payés

La période des congés payés permet le maintien de votre mutuelle santé. En effet, ces congés sont un droit acquis au fil des mois, vous ne pouvez être pénalisé durant cette période.

Vous êtes donc bien assuré pour vos dépenses de santé. Votre cotisation continue à être payée à la fois par vous et votre employeur.

Le congé sabbatique

Ce type de congé correspond à une période durant laquelle votre contrat de travail est suspendu. Vous décidez vous-même de quitter l’entreprise de façon temporaire, vous n’êtes plus rémunéré. De ce fait, vous ne pouvez plus être pris en charge par la mutuelle d’entreprise obligatoire.

Il existe toutefois des exceptions. Si un accord collectif ou votre contrat de travail prévoit le maintien de la mutuelle collective, vous pourrez être amené à payer la totalité de la cotisation. Dans le cas contraire, la souscription d’un contrat individuel temporaire s’impose pour continuer à bénéficier de remboursements complémentaires à ceux de la Sécurité sociale.

Le congé maternité

Dès l’instant où vous percevez des indemnités journalières de l'assurance Maladie durant votre congé maternité, votre mutuelle santé est maintenue. Dans le cas contraire, il sera suspendu, sauf si un accord collectif prévoit son maintien.

Le congé parental

De prime abord, durant un congé parental, la mutuelle santé n’est pas maintenue. Le contrat de travail étant suspendu, l’employeur n’est pas contraint de continuer à couvrir son salarié.

Mais, là encore, un accord peut prévoir le maintien des droits, de manière limitée ou non dans le temps.

Qui paie la mutuelle durant un arrêt maladie ?

Lorsque votre arrêt maladie est rémunéré, vous conservez vos droits à la mutuelle d’entreprise. Les cotisations continuent d’être prélevées normalement, ce qui vous permet de rester couvert pendant toute la durée de votre arrêt.

En revanche, si vous ne percevez plus de salaire durant votre arrêt, les prélèvements de cotisations sont généralement suspendus, sauf si un accord de branche ou d’entreprise prévoit le maintien du paiement.

N’hésitez pas à vérifier les dispositions spécifiques applicables à votre situation auprès de votre employeur ou de votre mutuelle.

Un complément de salaire est-il prévu par la mutuelle en cas d’arrêt ?

La complémentaire santé a pour vocation de vous accompagner lorsque vous effectuez des dépenses de santé. Elle complète les remboursements de l’Assurance Maladie, ou s’y substitue, lorsque le régime général ne prend pas en charge vos frais de santé. Notamment, lors de dépassements d’honoraires, médecines douces, chambre particulière, etc.

En revanche, son rôle n’est en aucun cas de vous accorder un complément de revenu. En cas d’arrêt maladie, vous serez rémunéré soit par l’employeur, soit par la Sécurité sociale.

Pour bénéficier d’un complément de revenus, donc éviter une perte de salaire trop importante, vous devez vous tourner vers la prévoyance. Cet organisme peut prévoir un maintien de salaire. La prévoyance peut être souscrite de manière individuelle. Il peut aussi s’agir d’un contrat collectif mis en place par l’employeur.

Questions fréquentes sur la complémentaire santé et l’arrêt maladie

Suis-je couvert par ma mutuelle en arrêt maladie ?

Dès l’instant où vous êtes rémunéré durant votre arrêt maladie, vous pouvez conserver vos droits, et être couvert pour vos frais de santé, en fonction de votre ancienneté dans l’entreprise.

Comment ne pas perdre d’argent en cas d’arrêt maladie ?

Pour ne pas perdre d’argent durant un arrêt maladie, il est conseillé d’être protégé par un contrat de prévoyance. Celui-ci peut prévoir, selon les garanties de la convention, un maintien de salaire.

Est-ce que la mutuelle rembourse les indemnités journalières ?

La mutuelle santé ne rembourse pas les indemnités journalières, ce n’est pas son rôle. La complémentaire santé intervient seulement pour le remboursement de vos frais de santé. Cela se fait en complément ou à la place de la Sécurité sociale, selon la nature des frais.

Quel montant puis-je espérer en cas d'arrêt maladie ?

Le montant que vous percevez en arrêt maladie dépend de vos revenus, de la durée de l’arrêt et de votre protection (employeur, prévoyance). L’indemnité journalière versée par la Sécurité sociale est plafonnée à 41,47 € brut par jour en 2025, et peut être complétée par votre employeur ou une prévoyance. La mutuelle, elle, ne verse aucun revenu mais peut prendre en charge vos frais de santé pendant l’arrêt.